MPI Pascasarjana IAIN Ponorogo hadir sebagai pusat kajian dan  pengembangan ilmu manajemen Pendidikan Islam yang berkontribusi terhadap pengelolaan Pendidikan masyarakat. Program Magister Pascasarjana Program Studi MPI dalam penyelenggaraan pendidikan dan pengajarannyanya mengacu pada KKNI dan didukung Standar Nasional Perguruan Tinggi (SNPT). Visi kepemimpinan yang digemakan adalah menjadi Program Studi Magister yang unggul di lingkungan PTKI. Dengan motto inovasi dan koreksi tiada henti.

Magister Manajemen Pendidikan Islam yang dikembangkan IAIN Ponorogo saat ini didirikan berdasarkan SK Dirjend Pendis No. Dj.I/699/2013 pada saat itu masih berstatus STAIN (Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri). Dengan SK Dirjend Pendis tersebut, tugas Pascasarjana IAIN Ponorogo menyelenggarakan Tri Dharma Perguruan Tinggi dalam rangka menghasilkan magister Manajemen Pendidikan Islam (M.Pd.). Sampai saat ini telah meluluskan beberapa angkatan yang telah bekerja di berbagai bidang baik umum maupun pemerintahan dan Lembaga Pendidikan umum dan Islam.