Pascasarjana IAIN Ponorogo merupakan bagian dari IAIN Ponorogo yang berstatus terakreditasi Baik Sekali sekaligus di tahun 2024 ini akan bertransformasi/berubah alih status menjadi UIN KH. Ageng Muhammad Besari Ponorogo, sehingga semakin kompetitif dimana Pascasarjana IAIN Ponorogo memiliki 5 Program Studi (4 prodi berstatus terakreditasi Baik Sekali/B yaitu; Prodi HKI, Prodi ES, Prodi MPI, dan Prodi PBA), dan 1 prodi berstatus terakreditasi Baik yaitu Prodi PAI) serta memiliki sejumlah program unggulan dalam pelaksanaan Tridharma Perguruan Tingginya yang dapat dideskripsikan secara lebih detail sebagai berikut :

a. Unggulan dalam bidang Pendidikan

Unggulan dalam bidang pendidikan yang terdapat pada Pascasarjana IAIN Ponorogo antara lain:

• Pascasarjana IAIN Ponorogo memiliki 7 orang dosen yang bergelar guru besar. Sebagai contohnya Dr. Mukhibat, M.Ag dalam bidang ilmu Manajemen Pendidikan Islam dan Prof. Dr. Evi Muafiah, M.Ag dalam bidang ilmu Ilmu Pendidikan Islam, Prof. S. Maryam Yusuf, M.Ag dibidang ilmu pendidikan, Prof. Dr. Agus Purnomo, M.Ag dalam bidang Hukum Islam, Prof. Dr. Miftahul Huda dalam bidang Manajemen Wakaf, Prof. Dr. Luthfi Hadi Aminuddin, M.Ag dibidang Hukum Islam, serta Prof. Dr. Abdul Mun’im, M.Ag di bidang Hukum Islam.
• Pascasarjana IAIN Ponorogo memiliki sejumlah dosen yang terpilihnya menjadi Asesor BAN-PT, sebagai contohnya Dr. Evi Muafiah, M.Ag; Dr. Muh. Tasrif, M.Ag; Prof. Dr. Miftahul Huda, M.Ag; Dr. Moh. Munir, Lc., M.Ag dan Dr. Muhammad Thoyib, M.Pd
• Pascasarjana IAIN Ponorogo memiliki sejumlah dosen yang aktif memberikan perkuliahan dosen tamu/ Visiting Lecturer ke universitas di dalam dan luar negeri Sebagai contoh : Prof. Dr. Mukhibat, M.Ag mengisi kuliah tamu di Universiti Malaysia Sabah; Prof. Dr. Evi Muafiah, M.Ag mengisi kuliah tamu pada sejumlah universitas di Malaysia, Thailand, Kamboja; Dr. Ahmadi, M.Ag mengisi kuliah tamu di Universiti Malaysia Sabah; Dr. Muhammad Thoyib, M.Pd mengisi kuliah tamu di Universiti Sains Malaysia (USM) dan masih banyak lainnya.

b. Unggulan dalam bidang Penelitian

Unggulan dalam bidang penelitian yang ada di Pascasarjana IAIN Ponorogo, antara lain :

• Mendapatkan dana hibah penelitian kompetitif dengan skala nasional dan internasional pada setiap tahunnya dari Direktorat Pendidikan Tinggi Keagamaan Islam Kementerian Agama Republik Indonesia, Badan Riset Nasional (BRIN), maupun Pemerintah Provinsi (Pemprov Jawa Timur).
• Institut Agama Islam Negeri Ponorogo mendanai penelitian internal setiap tahunnya melalui DIPA IAIN Ponorogo. Penelitian ini melibatkan kolaborasi antara dosen dan mahasiswa Pascasarjana, yang menghasilkan output luaran seperti buku, jurnal nasional atau internasional, dan Hak Kekayaan Intelektual (HKI). 

c. Unggulan dalam bidang Pengabdian Kepada Masyarakat (PkM)

Unggulan dalam bidang pengabdian kepada masyarakat (PkM) yang ada pada Pascasarjana IAIN Ponorogo, antara lain:

• Terdapat dosen Pascasarjana IAIN Ponorogo yang menjadi narasumber seminar baik berskala nasional maupun internasional. Sebagai contoh: (a). Dr. Mukhibat, M.Ag menjadi narasumber di UIN Maulana Malik Ibrahim Malang dan di Universiti Malaysia Sabah; (b). Prof. Dr. Evi Muafiah, M.Ag menjadi Narasumber di Universiti Sultan Azlan Syah Malaysia, menjadi narasumber di Korean Alumni Association Kamboja, dan sebagainya; (c). Dr. Muhammad Thoyib, M.Pd menjadi narasumber di UIN Sultan Aji Muhammad Idris Samarinda dan di Universiti Sains Malaysia (USM), dan lain sebagainya; (d). Dr. M. Syafiq Humaisi, M.Pd menjadi narasumber/presenter dalam International Conference dan masih banyak lagi lainnya.
• Selain itu terdapat sejumlah dosen yang menjadi reviewer jurnal bertaraf nasional maupun internasional. Sebagai contohnya; (a). Prof. Dr. Mukhibat, M.Ag pada Internasional ICON-UCE Kemenag RI, menjadi Reviewer Jurnal Internasional bereputasi (Scopus/Q2) Waikato Journal of Education, Japan, maupun menjadi Reviewer Jurnal Internasional Bereputasi (Scopus/Q3) Sage Open, dan sebagainya; (b). Dr. Ahmadi, M.Ag menjadi reviewer Penelitian Litapdimas Nasional di IAIN Sorong Papua, IAIN Kediri, UIN Maulana Malik Ibrahim Malang dan sebagainya; (c). Dr. Muhammad Thoyib, M.Pd menjadi reviewer pada Jurnal Internasional Education Journal (Science Publishing Grup), Jurnal Cendekia/Sinta 2 IAIN Ponorogo; Dr. Muhamad Ghafar, M.Pd.I pada editor in Chief Jurnal SAJIEM (South East Asian Journal of Islamic Education Management), dan masih banyak lainnya.